Miten lisätään korona-analyysien kapasiteettia?

Koronanäytteitä tehdään Suomessa tällä hetkellä (23.3.) parituhatta päivässä. Se ei riitä. Esimerkiksi Etelä-Koreassa tauti pysäytettiin tekemällä yli 300000 näytettä kuukaudessa eli 10000 näytettä päivässä. Koronapositiiviset potilaat pitää löytää tavallisten nuha- ja influenssapotilaiden joukosta, jotta tartuntaketjut saadaan katkaistua.

Tässä ketjussa mietitään erityisesti sitä, miten näyteanalyysejä saadaan lisättyä. Mitkä uudet laboratoriot voisivat käynnistää koronatestausta? Mitä tarvitaan lisänäytteiden analysointiin? Onko joistain kriittisistä asioista pulaa? Onko joitakin asioita riittävästi, niin että niistä murehtiminen voidaan lopettaa?

Yhteistyö Jyväskylän yliopiston ja professori Marja Tiirolan kanssa on alkanut. Puhuimme siitä, että Jyväskylä aloittaisi koronanäytteiden analysoinnin, ja sitä varten voisi tilata Perkin Elmeriltä 7000 näytekittiä à 30 euroa. Laboratorion kapasiteetti on noin tuhat näytettä päivässä, joten tämä riittää viikoksi. Lähipäivinä kuitenkin alkaa selvitä, paljonko tarvetta on, koska myös näytteenotossa voi tulla pullonkauloja. Niinpä tarvetta pitää seurata tiiviisti ja tehdä uusia tilauksia.

Näytteenotto ja analysointi ovat potilaan hoitoa ja vaativat siksi lääkärin lähetteen. Tätä varten on tarkoitus aloittaa keskustelut HUSin diagnostiikkajohtaja Lasse Lehtosen kanssa siitä, että HUS ottaisi näytteet ja toimittaisi ne Jyväskylään analysoitavaksi. Tämä lienee järkevintä senkin takia, että HUSin alueella on tällä hetkellä puolet kaikista Suomen tunnistetuista koronatartunnoista. @mtiirola voi toivottavasti kertoa lisää keskusteluista ja siitä, miten laboratoriokapasiteetin nostaminen onnistuu.

Kyllä näin. Mutta ennen kuin voimme tilata varsinaisesti lisää kittejä (nyt on tulossa 250 validointiin), meidän tulee saada suppean laboratoriotoiminnan lupa. Ja HUSin vastaus kanssa. Sen lupahakemuksen teko on huomisen asia.

1 Like

Kauanko luulet luvan saamisen kestävän? Kumpi tulee ensin, kitit vai lupa? Onko muita esteitä, joita pitäisi raivata?

Hei!
Tuuli on kääntynyt tänään illalla klo 17. Nyt useampikin palveluntuottaja kaipaa kapasiteettiamme. Onneksi saimme itsemme tietoisuuteen HS:n kautta. Validointikitti on tulossa. Ehkä nyt uskallamme ottaa vaikka lainan ja tilata kittejä. Tai kitit näiden vastuulle. Mehän tiesimme että näin käy. Nyt toimintaan. Vieläkin tarvittaisiin lisää kapasiteettia.

T. Marja

2 Likes

Upeaa! Kiitos Marja! Kapasiteettia ylös, jotta näytteitä päästään tekemään, ja pitää ryhtyä työhön sairaaloiden herättelemiseksi. Siellä tuntuu olevan passiivinen tunnelma, kun ajatellaan ettei analyysikapasiteettia ole niin sitä ei myöskään kysellä. Tämä kysynnän ja tarjonnan muna-kanaongelma pitää ratkaista.

Me voisimme lähettää koronanäytteet Kiinaan, koska siellä on paljon testauskapasiteettia ja tällä hetkellä on vähemmän aktiviteettia.

Sen verran tässä viikon aikana on selvinnyt, kapasiteettia tarvitaan näytteenottoon tietysti ja laboratoriossa ennen kaikkea esikäsittelyyn. Mitä puulaamiseen tulee, sen aika olisi vasta esikäsittelyn jälkeen ennen RNA-eristystä. Kehitys näyttää RNA-eristyksen kapasiteetin lisäämisen osalta hyvältä, eli se vetää kyllä, kunhan saadaan näytteet esikäsiteltyä.

For the cost of running 96 wells you can test 960 people and accurate assess the prevalence in the population to within about 1%. Do this at 100 locations around the country and you’d have a spatial map of the extent of this epidemic today. . . and have this data by Monday.

Lähinnä talteen linkki uutiseen Wallacista pystyy suomessa tekemään sekä reagansseja, että kittejä.

Olen täysi amatööri tässä, mutta mieleen väistämättä tulee, kumpi on kansallisen politiikan kannalta tärkeämpää: infektoitumisen testaus vai jälikäteinen vasta-ainetestaus? Jälkimmäinenkin kuvaa kulkua populaatiossa, ja siirtää väkeä sille osastolle josta voidaan ottaa “puhdasta” väkeä töihin, eli sillä on selvä policy-vaikutus. Ensimmäinen voi olla yksilölle tärkeämpi, mutta harhaisuus voi olla liian iso ongelma (eli että sairastuneet tulee näytteisiin todennäköisemmin)? Ongelma lienee aikasarjaongelma, eli pieni satunnaisuus pienistä näytemääristä johtuen ei vielä kaada aikasarjan hyödyllisyyttä, vaikkka se olisi esim. 1000 ehdotonta satunnaisotosta joka kolmas päivä, tms? Kyse on kuitenkin vain luokittelusta kahteen luokkaan, ei esim. poliittisiin puoluesiin (10 luokkaa), joissa luotetaan tuhannen otoksiin, kertaotoksena ilman aikasarja-analyysiä.